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会社が赤字に修正したくない意向であれば赤字にはしなくてもよいことになっています。また、税務署から銀行に連絡はされません。したがって、税務調査を契機に銀行に粉飾決算が発覚して貸しはがし等をされる、といった心配はありませんのでご安心ください。

粉飾決算は企業会計原則違反であり本来認められないものですが、公認会計士の監査が入らない中小企業では、銀行から融資を受けるため、また建築業の場合は経営事項審査の評点を上げるためなどの動機から黒字を偽装することがあります。多様税金を払うことになっても融資を止められて倒産するよりはましという、苦肉の策です。翌期の売上を前倒しで計上する、在庫の数字をいじる、経費の一部を計上しないなどがよく使われる手です。

国税通則法第24条には「税務署長は、納税申告書の提出があった場合において、その納税申告書に記載された課税標準等又は税額等の計算が国税に関する法律の規定に従っていなかったとき、その他当該課税標準等又は税額等がその調査したところと異なるときは、その調査により、当該申告書に係る課税標準等又は税額等を更正する」と規定されています。

しかし粉飾決算を更正して赤字決算に直すと、過大に納付された税金を還付することになり税収が不安定になる、粉飾決算を助長する等の問題が生じます。そこでこのような粉飾決算を抑制するために、仮装経理に基づく過大申告については法人税法で特例を設けていて、会社が自ら修正の経理をした確定申告書を提出しなかった場合は、税務署長は減額の更正をしないことができるとされています。

したがって、会社が自主的に決算を修正しない限りは、税務署が職権で正しい決算（赤字決算）に直すことはないですし、銀行に連絡したりもしないというのが回答です。

銀行対策が不要になった等の理由で粉飾決算を自ら是正する(赤字に戻す)ときの経理処理の方法については、「損益計算書の特別損益の部において前期損益修正損等と計上して、修正した事実を明示すべきである」という判例が出ています。

この判例に従って前期損益修正損としたときの税務上の手続きとしては、①修正事業年度の損金とすることができないため、法人税の申告書上で加算調整が必要になります。そして、②過大に申告した税金の還付を受けるには、税務署長に減額更正をお願いする嘆願書を提出することになります。

嘆願書の法的性格については、国税庁HPに税務大学校教授の論文が掲載されています。それによると「嘆願書は納税者の課税庁に対する単なる要望ないしは陳情を述べた書面にすぎず、課税庁はその内容のとおりの減額更正をしたりあるいはそのための調査を行うべき義務を負うものではないことはもちろんそれに対する応答の義務もないとされている」ということですから、迅速な還付は期待できません。

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税務調査で重加算税