税務調査の事前通知を受けた後、臨場調査前に修正申告することは、法的にも認められております。

　分かりやすく解決します。

税務署から税務調査の連絡が来たとします。連絡方法は電話や書面できます。一般的には電話連絡が多いと思いますが、電話がつながらないと書面で来るような流れになっています。

　書面が来た場合は、〇月〇日までに税務署に連絡してください　というような文面になっていると思います。

　次に税務署の調査官は、納税者に電話で「事前通知」を行います。事前通知とは簡単にいうと、「あなたの申告した所得について正しいかどうか税務調査を行いますよ」というような感じの税務調査を行う宣言みたいなものです。この段階で、調査日を決めます。

この調査日、つまり税務署の調査官があなたの会社や事務所、自宅に来る日です。(場合によっては、納税者が税務署まで足を運び税務署内で税務調査を行うこともあります)

調査官が、あなたの会社等にきて、申告内容が正しいかどうかを帳簿等でチェックしていきます。これを臨場調査といいます。

　修正申告書は、当初提出した申告に間違いに気づいた時点で納税者が、税務調査に関係なく、いつでも提出できるものです。(自ら誤りに気づき修正するものですから、納税者の判断でいつでも修正申告書は提出できるものです)

税務調査があって、帳簿等を調査官にみられ、間違いを発見されてから修正申告書を場合には、加算税という罰金（ペナルティ）が課せられます。故意に利益を少なくするような申告をしていた場合には、重加算税という本来の税金の35％以上の税金を納める必要がでてきてしまいます。

　例えば、本来の税金が100万円だった場合に35％増しだと35万円の罰金がとられるということです。(本税100万円と罰金35万円で合計135万円の納税です)非常に高額な罰金です。しかも故意に所得を少なくしていた、つまり悪質な場合だと調査期間も7年になり非常に高額な追徴税額になります。

　税務調査の事前通知を受けても臨場調査前であれば、罰金は科されません。（ただし平成29年1月1日以降に申告期限が到来するものを除く。つまり個人の場合だと平成28年分以降、罰金がかかります。）

　ですので、少しでも税務調査の傷を浅くするには、税務調査の事前通知があっても、臨場調査前、簡単にいうと調査官と合う前であれば修正申告書を提出し、傷を浅くするのは可能ですし、税理士としても、納税者に適正な税金を納税させるのが使命ですから、間違いを発見しだい修正申告をすすめる義務があります。

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